截至记者发稿时，全国多个省份的行政机构改革方案已获中央批准，明确将设立交通运输厅，而首个交通运输厅厅长周舒也已通过宁夏回族自治区第十届人大常委会的任命，正式走马上任。
在国务院机构改革的同时，地方政府机构改革也已全面跟进。在交通运输部组建近一年后，我国新一轮行政管理体制改革正全面推开。在这轮政府机构改革中，“工业和信息化、人力资源和社会保障、交通运输等领域将率先起步。”北京大学政府管理学院博士生导师李成言教授告诉记者，“改革对机构具体设置名称、排序、形式等，不统一要求上下对口，在条件具备的地方，可加大机构整合力度，撤并一些职能相近、相同的部门，允许一个部门同上级几个部门对口。”
日前，交通运输部向各地印发了《地方交通运输大部门体制改革研究》和《深化中心城市交通行政管理体制改革研究》两个研究报告。报告提出了各地深化交通运输行政管理体制改革的原则和目标，以及优化交通运输行政管理组织结构的基本模式。据参与报告起草的专家介绍，这两个报告为各地交通运输部门按照大部门、大管理、大统筹、大协调的思路，转变职能、理顺关系、创新体制提供了方向性和原则性的意见和建议。
报告建议，交通运输主管部门及其专业管理机构应当划清职权范围，政事分开，各司其职，而其内部的组织结构模式，则应主要体现为“横向部门制＋纵向层级制”的直线职能制，以职能定位为基础，横向部门化设置机构，纵向层级化界定权责。
“掌舵”而不“划桨”
“政事不分”一向是制约我国交通发展的主要因素，而交通运输部也正是针对此而组建。
专家认为，目前地方交通运输行政管理体制的主要问题在于，从行业的外部关系来看，交通主管部门与政府其他行业部门多头行政，权责不清的现象比较普遍。不仅不同运输方式被普遍的分割管理，而且在交通运输规划，投资，建设立项，运营管理等方面，交通主管部门与其他行业主管部门也存在着许多职权交叉的情况。同时，从行业的内部关系来看，管理横向部门设置过多过细，纵向层级间则边界模糊，结构复杂。目前，我国交通运输业发展面临“量”增长和“质”提高的双重压力，具有两个明显特征。一是仍处于大建设大发展阶段，基础设施建设任务很重；二是逐步向现代交通运输业转型，需要加快完善综合运输体系，促进行业科学发展。
为此，交通运输部部长李盛霖在2009年全国交通运输工作会议上指出，推进综合运输体系的建设，将成为2009年交通运输部的工作重点之一。而推进综合运输体系的建设应当从何处着手？对此专家表示，发展综合运输体系，做到资源的有效利用，作为交通规划和建设的最终落脚点，体制改革的发端应当是从地方开始。
但我国尚处于市场经济完善时期，政府主管部门不具备全面“公共服务市场化”的环境条件，职能定位应是“掌舵”而不是“划桨”，但在交通基础设施建设、养护领域引入市场机制，却是改革应当坚持的方向。
深化地方交通运输行政管理体制改革的重点任务应该包括：整合交通运输行政资源，构建大部门体制；转变行业政府管理职能，优化职能结构；统筹交通运输主管部门及其专业管理机构改革，优化组织结构；全面推进行业依法行政，加强制度建设。“在大部门体制框架下大力推进政事、政企、政资、政社分开，决策和执行分离，进一步优化职能结构。”
而具体的分工情况则是：凡涉及法规政策、标准规范、发展规划等抽象行政行为的决策职能，应由交通运输主管部门集中行使；凡涉及直接从事公共服务和行政执法等具体行政行为的执行职能，原则上由交通运输主管部门设立专业管理机构分类行使。曾对大交通体制做过深入研究的国务院研究发展中心社会经济研究部副部长林家彬认为，将政府主管部门与管理机构分开，就是将决策层和执行层分开，这样不但有利于提高行政效率，防止腐败，更有利于各种不同的交通方式统筹协调统一规划。
横向部门和纵向层级
在政事分开的同时，在交通运输主管部门及其专业管理机构的组织结构模式上，报告建议，应主要应体现为“横向部门制＋纵向层级制”的直线职能制，以职能定位为基础，横向部门化设置机构，纵向层级化界定权责。
其中，在交通运输主管部门中，所谓横向结构，即为职能整合的大部门制，即在地方三级政府层面推动形成“一省一厅”、“一市一局( 委) ”、“一县一局”的组织模式。三级交通运输主管部门之间具有上级对下级的业务指导关系，各级机构对本级政府负责。
三级交通运输主管部门的基本职能对象应该包括：公路、水路交通，城市客运和地铁、轨道运营，民航机场，地方铁路(包括城际轻轨)，综合运输协调等。而纵向结构，则为职能错位的层级制。省级交通运输主管部门的职责主要为决策，调度管理，公共关系平台，以及承担国省道，高速公路、地方航道、地方铁路建设、养护、管理的事权责任。
各市(地)县(市)等级交通运输主管部门则负责上级政府决策的具体执行，以及辖区内港口、机场、农村公路和综合交通枢纽建设、养护、管理和城乡交通一体化的事权责任。在地方交通运输专业管理机构中，横向结构应为同类归并的部门制。报告建议，省级层面可实行“3+2”的基本模式，即一般设置公路管理局、港航管理局和陆上运输管理局，选择设置综合执法局(总队)、工程质量和安全监督管理局(站)。
市(地)级层面可形成公路管理机构(国省道属于省级事务委托)、港口管理机构、陆上运输管理机构(包括道路运输、城市客运、地铁和轨道交通)、机场管理机构为主的基本构架。县(市)级层面可形成公路管理机构(农村公路)、道路运输管理机构为主的基本构架。
交通主管部门与专业管理机构之间是“决策”和“执行”的关系。同时，为避免角色混同、职责同构，交通主管部门内设机构的部门化模式，应与所属专业管理机构的设置模式有所不同，可实行跨“专业”的综合性设置。如：单设公路管理局，但一般不在厅内设公路管理处。纵向结构则为条块结合的层级制。对国省道，公路管理机构可探索实行省以下垂直管理的体制模式。对农村公路，可探索实行省与县之间条块结合、以块为主的体制模式。市级机构作为省级代理，只负责协调具体事务。
港航管理机构对地方航道、地方海事可探索按流域设置省级垂直管理的体制模式，对港口和水路运输则适宜条块结合、以块为主的体制模式。其他专业管理机构大多适宜条块结合、以块为主的体制模式。
据参与报告起草的专家表示，该报告为各地交通运输机构的改革提供了方向性的建议，但是由于实际情况不同，各地还可以根据自己的情况对该思路进行修订。例如，有条件的地区可争取地方政府支持，在公路、水路、城市交通等基础项目之外，纳入城市交通基础设施、交通战备、旅游客运以及口岸、物流协调指导等职能。
针对4个直辖市、27个省会城市以及大连、青岛、宁波、厦门、深圳5个沿海城市，交通运输部同时发布了《深化中心城市交通行政管理体制改革研究》的研究报告，分析了中心城市交通行政管理体制的现状，并提出了改革的总体思路和推荐模式。除组建大部门体制的交通行政主管部门外，报告建议，另外设置5个专业化的交通管理机构，具体包括公共运输管理机构、基础设施管理机构、港航管理机构、建设质量与安全监督管理机构、综合执法机构，此外，设立由各类专家组成的咨询委员会、社会各界参加的行风评议和执法评议委员会等非常设的监督组织。
其实，很多地方的大部制改革，最早都始于交通部门。
前往全国各地，尤其是西、北两个方向的省际长途车日发班车能达1500次，运送客流达近6万人次。而除省际旅客运输外，其经营业务还包括室内乘客运输、小件行包快运、客车维护修理等延伸性服务。
“六里桥综合客运交通枢纽”承载着如此繁忙的任务，但这里的一切，又都是在平静的气氛中进行。
“六里桥综合客运交通枢纽”是北京市交通委预计在奥运前后建成使用的八大交通枢纽之一。当动物园、西直门、东直门、一亩园、六里桥、北京西站南广场、望京和四惠桥八大交通枢纽全部建成，北京市的整体交通状况将得到彻底改观。
交通枢纽的建设，正是北京市交通委为建设综合交通体系所做出的积极探索。早在2003年8月，北京市就成立了全国首家交通委员会，统管全市的交通建设管理、规划、运营职能，并负责与民航总局和铁道部门协调，发展综合运输体制。组建市交通委后，在职能调整上不仅将原市交通局承担的负责本市公共交通、公路及水路交通行业管理的全部职能划入市交通委，同时将原由市政管委承担的城市道路、桥梁以及经营性停车设施的行政管理职能划入市交通委，将原由市公安局公安交通管理局承担的部分路政管理的职能划入市交通委。同时与城市内部民航总局及铁道部门协调。
北京在全国迈出了探索大交通管理体制改革的第一步。
在随后的几年，大交通体系的改革悄然出现在全国更多地方。如江苏、重庆等省市。
就重庆而言，目前，已基本形成了“一城一交”的大交通管理格局。
重庆市交通管理委员会作为主管全市城乡公共客运交通及公路、水路交通行政管理和行业管理的政府组成部门，代表市政府对全市的交通运输业进行“领导、决策、规划、管理、服务、协调、仲裁”等宏观管理，除继续行使原交通局负责的全市公路、水路运输行业管理和交通基础设施建设外，还承担原市公用局承担的城市公共客运交通管理职能（含出租汽车管理职能）；市经委承担的民航、铁路、公路、水路各种运输方式协调职能；原市港口局承担的港政管理、码头管理职能；原市计委承担的交通战备工作职能及地方民航、地方铁路管理职能。
“自下而上”的破局历程
为什么地方对于大部制的改革最早始于交通部门？
在国务院启动新一轮政府机构改革之前，交通部曾组织国内交通领域的专家组成专家组，走访全国多个省市，就我国交通运输管理体系和行政管理体制改革进行调研。调研结果显示，随着各地交通基础设施建设的发展，有些地区公路、水路、航空、铁路等设施的建设已经达到了很高的水平。但是由于分属多头，管理不畅，这些设施并没有得到合理充分的利用。而不畅的交通直接影响到各地经济的发展。所以从交通入手，通畅交通，进而发展经济自然成了题中之义。
然而，虽然交通领域的综合改革彼时已经在全国各地悄然开展，但纵观各地的交通管理模式，仍有许多不足。专家组认为，主要的问题是，虽然各交通形式的管理趋于统一，但交通基础设施的建设及养护体制仍存在于不同的主管部门之中。
其次，虽然交通委对交通运输形成了一定的综合管理能力，但对民航、铁路只具有协调能力，不具备真正的管理职能，与民航、铁路的协调能力不足，整个交通运输体系没有形成真正意义上的综合运输体系。
另外，相关法律条文的不统一也使实际操作过程中出现了很多难以解决的问题。
造成这些问题的原因，则在于地方对于综合交通体系的改革探索乃是“自下而上”而非“自上而下”。从而造成很多问题得不到根本性的解决。如今，在国务院机构改革持续推进近一年后，这种状况有望得到改善。但是，中央党校经济学部教授曹立接受本刊记者采访时也表示，“由于大部门体制是政府结构和运行机制的深刻变革，涉及政府部门领导层级的设置、管理与协调机制的确立、权力监督与利益的调整、集权与分权关系的处理等等诸多问题，既不可能一步到位，也不可能毕其功于一役，只能是循序渐进、逐步探索。”
专家预测，随着各级政府事权关系的不断清晰，精简行政层级以及省直管县的体制改革不断推进，地方交通运输行政管理的职能范围将会发生新的变化。届时，省级交通运输主管部门所属专业管理机构的数量将大大减少，大部分专业管理职能将向厅机关集中。需要独立设置的专业管理机构可能仅有综合执法机构、综合行政许可机构、国省道（含高速公路）和地方航道的养管机构等。而由于市、县级政府将承担越来越多的具体执行性事务，其专业管理机构的发展与省级会形成较大反差，可能形成综合执法机构、综合行政许可机构、公路管理机构（国省道以外的其他公路）、港航管理机构、机场管理机构、运输管理机构为主的基本架构。
